Часть сайтов вылетела из индекса, по некоторым словам вообще всего 3 страницы выдачи.Неужели "Магадан"...

Если в выдаче три страницы - глюк.

Нельзя ли пояснить общепонятными словами, что Вы имели в виду?

Каждый апдейт Яша называет названием российского города и один из апдейтов, довольно страшный для многих имел название "Магадан".
Суть того апдейта сводилась к тому, что у Яши была проведена глобальная чистка базы сайтов. Очень многие попали в бан за серую и черную оптимизацию. Точнее сказать, это даже была не настолько чистка, как обновление алгоритмов работы.

Ну... как я уже писал, "Магадан" уже был. Сейчас другой город.
Но факт апдейта налицо: Яша перестал учитывать "жирные морды", как, впрочем, и впринципе, ссылки с авторитетных ресурсов.
Читаем релиз тут http://webmaster.ya.ru/?ncrnd=8256 и охаем...