Понимаю, что мало кто сможет оценить воочию, поэтому рассказываю. По запросу "уфа" выдается сайт bashkortostan.km.ru , если же искать его в "регионе уфа", то его присутствие не наблюдается в первых 50. Очередной глюк или линия партии?

http://yaca.yandex.ru/yandsearch?text=u ... 22&rpt=rs2

в каталоге яндекса его нет, а регион они определяют тоолько для сайтов в каталоге.

Не знаю как они определяют регион, однако же сегодня наблюдал немало выдач по региону, сайтов не внесенных в yaca.
Вопрос открыт.

Пусть есть например домен.ру - он в каталоге и числится за каким-то городом, так все поддомены тоже будут числится за этим же городом.

Часто местный провайдер дает так сайты. Впрочем о каталоге - это был мне ответ из Яндекса достаточно давно.

Есть ещё регональная программа Яндекса - http://www.yandex.ru/regions.html возможно и её теперь стали использовать.