что лучше для максимального присутствия (в первую очередь в поисковике Яндекс):
1. несколько доменов второго уровня сайт справочник,новости,доски (логично делить на различные сайты)
2. несколько доменто третьего уровня, прокачивается ли основной домен от этого, если справочники, доски, новости разместить на одном домене доменах третьего уровня news.domain.ru, boards.domain.ru, forum.domain.ru
3. использовать один домен, а разделы в директориях domain.ru/news domain.ru/forum

я склоняюсь к одному ресурсу - на одном домене с директориями... но боюсь сложности с тематичностью

для максимального присутствия в яндексе необходимо и достаточно уникальное содержимое. Как вы его распределите и по каким сайтам - вопрос гораздо более легко решаемый.